La colonie de Saint-Domingue devint la plus riche des Antilles. À la fin du XVIIIe siècle, la valeur de ses exportations dépassait même celle des États-Unis. Cette prospérité reposait principalement sur le sucre et le café qui avaient supplanté les premières cultures et nécessitaient de grandes plantations. Au milieu du XVIIIe siècle, Saint-Domingue comptait quelque 200 000 esclaves. En 1789, à la veille de la Révolution française, elles employaient près de 500 000 esclaves noirs pour 32 000 Blancs et 28 000 gens de couleur libres (mulâtres et affranchis).
La révolte des noirs débuta en août 1791 à la suite de la Cérémonie de Bois-Caïman, dans la plaine du Nord : plus de 1 000 Blancs furent égorgés et les habitations incendiées. Sous la conduite de leurs chefs — dont le plus important fut Toussaint Louverture — les Noirs passèrent d’une révolte à une guerre de libération en s’alliant d’abord aux Espagnols de Santo Domingo, en guerre contre la nouvelle République française. De nombreux Blancs, royalistes, soutinrent les Britanniques ou les Espagnols. Les commissaires de la Convention, guidés à la fois par leur idéal et la nécessité de se trouver des alliés, proclamèrent la liberté des esclaves ; Sonthonax, le 29 août 1793, pour la province du Nord, et Polverel, progressivement jusqu'en octobre dans les provinces du Sud et du Centre.
Le 4 février 1794, la Convention confirma par acclamation cette déclaration et étendit l'abolition de l'esclavage à toutes les colonies françaises.
Comprenant que seule la République entendait libérer les esclaves, Toussaint Louverture se rallia en 1794. En quelques mois, à la tête d’une armée de 20 000 anciens esclaves, il renversa la situation militaire et libéra la moitié du territoire. En récompense, il fut nommé en 1796 général de division et vice-gouverneur de l’île. En 1798, agissant comme un gouverneur, il négocia directement avec les Britanniques la libération des ports qu’ils détenaient encore. Il démontrait ainsi qu’il était le seul chef de la colonie. Il imposa la suprématie des Noirs sur les mulâtres au cours d’une guerre civile en 1800. En 1801, il étendit même son autorité sur l’ensemble de l’île en envahissant la partie orientale espagnole et y en promulguant une constitution. Il remit l’économie de plantation sur pied en instaurant le travail forcé, n’hésitant pas à rappeler les anciens colons et à réprimer par la force la contestation des Noirs.
En se faisant nommer gouverneur à vie par la constitution du 12 juillet 1801, Toussaint Louverture défia Bonaparte. Ce dernier décida alors l'envoi de l'Expédition de Saint-Domingue, au prétexte de rétablir l'ordre. Mais en même temps que l'Expédition faisait inscrire sur les drapeaux : « Braves Noirs, la France reconnaît seule vos droits et votre liberté », le Corps législatif s'apprêtait à décréter l'esclavage dans les colonies. Bonaparte avait en effet, par un arrêté secret et antérieur à l'Expédition (du 25 décembre 1800), envoyé trois commissaires pour y rétablir les « cultures », autrement dit l'esclavage.
L'expédition de Saint-Domingue arrive le 29 janvier 1802. Elle comporte les généraux André Rigaud et Alexandre Pétion, ainsi que Jean-Pierre Boyer, « hommes de couleur » issus de Saint Domingue.
Une flotte de trente mille hommes à bord de quatre-vingt-six vaisseaux est ainsi menée par le beau-frère de Bonaparte : le général Leclerc.
Toussaint Louverture, qui était informé des projets de Bonaparte, donne l'ordre à ses lieutenants de faire une guerre d'extermination aux Français ; les villes sont incendiées et les rivières empoisonnées. Le 17 février 1802, le commandant de l'armée expéditionnaire allait mettre les chefs noirs hors la loi.
Dès son arrivée, l'expédition de Saint-Domingue se présente immédiatement, le 4 février, devant le port du Cap-Français, où commandait Henri Christophe, qui refusa de céder les forts et la place confiés à son commandement sans la permission de Toussaint Louverture. Il écrivit à Leclerc : « Si vous avez la force dont vous me menacez, je vous prêterai toute la résistance qui caractérise un général ; et si le sort des armes vous est favorable, vous n'entrerez dans la ville du Cap que lorsqu'elle sera réduite en cendres, et même sur ces cendres, je vous combattrai encore ». Lorsque Leclerc débarque, malgré la résistance qu'opposent les habitants et la milice, Henri Christophe donne l'ordre d'incendier la cité ainsi que tous les édifices publics.
Les Noirs résistent, mais reculent devant la puissance de l'armée de Leclerc. À la fin avril, au prix de cinq mille morts et autant de malades ou blessés, les Français tiennent toute la côte.
Les généraux de Toussaint Louverture, dont Christophe (en avril) et Dessalines (à la Crête-à-Pierrot après trois semaines de combat inégal et sanglant en mars 1802) se rendent aux Français après d'âpres combats si bien que Toussaint Louverture lui-même accepte sa reddition en mai 1802. Il est autorisé à se retirer sur l'une de ses plantations, à proximité du bourg d'Ennery, dans l'ouest de l'île, non loin de la côte. Le 7 juin 1802, Toussaint Louverture est arrêté malgré sa reddition et Dessalines, défait par les Français à la Crête-à-Pierrot, participe à cette arrestation. Louverture est déporté en France, il est interné au fort de Joux, dans le Jura, où il mourra des rigueurs du climat et de malnutrition le 7 avril 1803, après avoir prophétisé la victoire des Noirs.
Toussaint Louverture neutralisé, Leclerc décide le désarmement de la population et le met en œuvre à grand renfort d'exécutions sommaires ; alors les chefs de couleur se détachent peu à peu de l'expédition de Saint-Domingue et rejoignent les insurgés, prenant conscience que cette opération n'avait d'autre but plus important que celui de rétablir l'esclavage à Saint-Domingue.
C'est en apprenant le rétablissement de l'esclavage à la Guadeloupe qu'Alexandre Pétion donne le signal de la révolte, le 13 octobre 1802. À la tête de cinq cent cinquante hommes, il marche contre le principal poste français du Haut-du-Cap, le cerne, le fait désarmer et sauve quatorze canonniers que les siens voulaient égorger : l'armée des « indépendants » est alors formée. Les généraux Geffrard, Clervaux et Christophe, viennent se joindre à Pétion qui, plein d'abnégation, cède au dernier le commandement de l'insurrection.
Dessalines rejoint alors de nouveau les révoltés, dirigés par Pétion, en octobre 1802. Au congrès de l'Arcahaye (15-18 mai 1803), Dessalines réalise à son profit l'unité de commandement. C'est lors de ce congrès que naît le premier drapeau haïtien, bicolore bleu et rouge, inspiré du drapeau français dont la partie blanche a été déchirée. Le 19 novembre 1803, à la tête de l'armée des indigènes, avec à ses côtés Henri Christophe, Dessalines impose à Rochambeau - le cruel successeur de Leclerc - qui utilisait des chiens féroces achetés à Cuba contre les insurgés, entraînés à chasser et manger les Noirs, la capitulation du Cap après la défaite des armées françaises, la veille, à la bataille de Vertières. Rochambeau n'a alors d'autre choix que d'ordonner l'évacuation de l'île.
Après le départ des Français, Dessalines provoque aussitôt le massacre de la population blanche ; à l'exception des prêtres, médecins, techniciens et de quelques négrophiles. Il redonne à Saint-Domingue son nom indien d'Haïti (Ayiti) et déclare l'indépendance de la République le 1er janvier 1804 aux Gonaïves.
La première république noire libre du monde vient alors de naître.
Mais à peine créée, la république d'Haïti est déjà endettée : la France ne reconnut l'indépendance du pays qu'en échange d'une indemnité de 150 millions de francs-or (la somme sera ramenée en 1838 à 90 millions de francs).
Craignant le retour des Français dans l'île, Dessalines fit construire des forts. Il prit le titre d’empereur en octobre 1804. Parallèlement, il officialisa le français, même si la grande majorité de la population ne parlait que le créole. Il confisqua les terres des colons et donna les meilleures à ses officiers. Sa constitution du 20 mai 1805 interdit la propriété foncière aux blancs. Pour remettre en marche l’économie, il édicta le travail forcé des cultivateurs avec un règlement plus dur que celui de Toussaint. Le peuple reprit les armes contre cette dictature.
C'est à Marchand, le 16 octobre 1806, que Dessalines prit connaissance de la révolte. Ignorant que Christophe avait été proclamé chef de l'insurrection, il lui écrivit de se tenir prêt à entrer en campagne. Au général Pétion, qui était également dans le complot, il donna l'ordre de marcher sur les Cayes à la tête des troupes de la seconde division de l'Ouest.
L’empereur fut tué par un des généraux de Pétion dans une embuscade le 17 octobre 1806 au Pont-Rouge, à l'entrée de Port-au-Prince, trahi par un de ses chefs de bataillon.
Alors que le trouble régnait dans la partie occidentale de l'île et dans un climat de sécession, les Français qui restaient dans la partie orientale de l'île furent battus par les habitants hispanico-créoles, sous le commandement de Juan Sánchez Ramírez, à la bataille de Palo Hincado le 7 novembre 1808.
La capitulation française dans la partie orientale de l'île se fit à Santo Domingo le 9 juillet 1809. Les autorités réinstaurèrent alors la colonie, en l'appelant « La España Boba » (littéralement l'Espagne idiote, parce que le pays, après s'être rebellé, s'était remis volontairement sous l'autorité de l'Espagne). L'Espagne idiote dura 12 ans jusqu'à la première proclamation d'indépendance de la République dominicaine en 1821.
Après l’assassinat de Dessalines, le pays se scinda en deux sous l’autorité de ses anciens généraux : le Noir Henri Christophe, élu président aux pouvoirs limités, tenta de s’imposer, mais se heurta au mulâtre Alexandre Pétion qui défendit la capitale Port-au-Prince. Christophe regagna le Cap-Haïtien, au nord, où il s’instaura président à vie. Au sud, le sénat élit Pétion.
Christophe imposa alors son autorité par les armes à la région du nord-ouest en 1810. Le 26 mars 1811, il se proclama roi sous le nom d’Henri 1er. Il établit une noblesse et édifia plusieurs palais, comme celui de Sans-Souci, ainsi que la citadelle Laferrière non loin de sa capitale, Cap-Haïtien (tous deux aujourd’hui classés patrimoine mondial de l’humanité par l’UNESCO). Il reprit le système de la plantation en distribuant les terres à ses proches et en instaurant un « caporalisme agraire » pour forcer les paysans à y travailler. Il dut mater une mutinerie en 1812. Frappé d’une crise d’apoplexie le 15 août 1820, il en resta partiellement paralysé. En quelques mois, une nouvelle rébellion se déclara. Le 7 octobre 1820, abandonné par sa garde, Christophe se suicida « d’une balle en argent » rapporte la légende.
Pétion, quant à lui, procéda à des distributions de lopins de terres au plus grand nombre, ce qui assura sa popularité. Cette politique engendra une économie autarcique de subsistance. Pétion soutint, en vain, la rébellion du nord-ouest contre Christophe. Le général André Rigaud, rentré d’exil, créa un état dans la péninsule du sud le 3 novembre 1810, que Pétion, après l’avoir un temps reconnu, réussit à renverser en suscitant une révolte locale le 7 mars 1812. En décembre 1815, Pétion donna asile à Simon Bolivar, en fuite. Il lui fournit des armes contre sa promesse d’abolir l’esclavage sur le continent (Bolivar abolira l’esclavage en Amérique latine le 6 juillet 1816). Pétion fit changer la constitution afin de devenir président à vie le 2 juin 1816. Mais, malade, il songea à démissionner et mourut le 29 mars 1818.
Le commandant de sa garde, Jean Pierre Boyer, s’imposa auprès du sénat et devint président. Devant l’insurrection contre Christophe en octobre 1820, Boyer partit pour le Cap à la tête de son armée. Le 26 octobre, il rattacha le nord à la République.
En 1821, la partie orientale de l'île redevenue colonie espagnole se souleva et proclama son indépendance le 1er décembre 1821.
Profitant de l'opportunité et de l’appel de certains insurgés, Boyer envahit le pays neuf semaines après son indépendance, entra à Santo Domingo le 9 février 1822 et rattacha l’est de l’île à Haïti.
L'occupation militaire dura 22 ans, jusqu'à la chute de Boyer, elle est généralement vue comme une période de brutalité, bien que la réalité soit plus complexe. Les vingt-deux ans permirent l'expropriation de grands propriétaires fonciers et des réformes avortées pour exporter les produits agricoles, pour rendre obligatoire le service militaire, restreindre l'utilisation de l'espagnol et éliminer les coutumes traditionnelles telles que les combats de coqs. Cela renforça finalement le sentiment national des Dominicains qui se démarquèrent des Haïtiens sur la langue, la race, la religion et les coutumes. Cette période permit également la fin de l'esclavage dans cette partie de l'île.
En 1814, le roi Louis XVIII envoya trois émissaires à Saint Domingue, la mission Dauxion-Lavaysse, Draverman auprès de Pétion et Franco de Medina auprès de Christophe pour faire reconnaître son autorité. Pour certains elle visait simplement au rétablissement de l’esclavage, ce qui fit scandale ; pour d’autres c’était une simple mission d’espionnage. Elle se termina par la condamnation à mort de Franco de Medina. Une deuxième mission interviendra en 1816 : moyennant un protectorat sur l'île, la France proposait à Pétion le titre de gouverneur. Les deux émissaires français, Fontanges et Esmangard, furent éconduits comme les autres. Au total, plus de dix missions officielles ou officieuses furent dépêchées entre 1816 et 1823.
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